《拦截密码战》的故事发生在二战时期的英国。汤姆·杰里科是布兰彻利公园密码破译中心的一名优秀密码专家，负责协助盟军破解代号为“谜”的密码。工作期间，他与中心的一名女雇员克莱尔·罗米利展开了一段短暂而炽烈的感情。
克莱尔美丽迷人，却始终笼罩着神秘色彩，仿佛隐藏着许多不为人知的秘密。她在破译中心颇受欢迎，追求者众多，汤姆只是其中之一。然而，自战争爆发、投身这份艰苦工作以来，汤姆已经整整五年没有真正享受过生活与爱情的甜蜜，因此很快便深深迷恋上了克莱尔。克莱尔却并未同样投入这段感情，很快对他失去兴趣，提出分手并另觅新欢。
遭受打击的汤姆一蹶不振，甚至因此在工作中频频分心。压抑已久的痛苦最终被傲慢的上司彻底激怒，他一时冲动，对上司大打出手，结果被调离岗位。没想到一个月后，他又重新回到了布兰彻利公园。此时，密码破译中心正陷入一片混乱，一场灾难也正在逼近……
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