白赖仁（李子雄饰）野心勃勃，妄图控制全人类。他命忍者首领虎大介杀死菊池博士，夺走万能的“赤盒”，却始终无法将其打开。得知音乐家高比（黄子华饰）拥有开启赤盒的能力后，白赖仁立即派人将他擒来。
另一边，菊池博士的学生、女忍者香也一路追杀高比；而芭蕉先生则派出爱徒小灵（黄圣依饰）暗中保护他。三方势力相遇后展开激烈厮杀，最终小灵成功杀出重围。随后，芭蕉先生夜闯白府，企图盗走赤盒，却不敌虎大介，反而丢掉性命，连累村民遭到屠杀。心生不忍的高比以自刎相威胁，终于迫使白赖仁暂时停止屠杀。
在高比的帮助下，赤盒终于被乐曲开启。白赖仁欣喜若狂，以为自己即将掌握控制人类的秘密。然而，小灵和女忍者香又怎会就此罢手？
