《世纪骇客》讲述了一场迫在眉睫的导弹危机。美国在哥伦比亚发射基地的一枚导弹因“千年虫”故障自动启动发射程序，并进入倒计时，四十八小时后将袭击莫斯科。为关闭发射系统、化解危机，西渥德将军命令“黑客”文森与导弹设计师摩根，跟随费尔查德指挥的行动小组一同出发。
然而，行动途中小组遭到伏击，人员伤亡惨重。在联邦缉毒员米拉的帮助下，摩根等人从废气排放口进入控制室。文森正准备修改导弹的攻击方向时，心怀不轨的费尔查德突然用枪指住他，强迫他将目标改为华盛顿。摩根识破费尔查德的阴谋后及时逃脱，并前往当地毒枭卡迈罗的驻地。卡迈罗出于自身利益，答应协助摩根铲除费尔查德。
经过一番激战，摩根与卡迈罗夺回控制室，并击毙了费尔查德。得知米拉的真实身份后，心狠手辣的卡迈罗又动了杀机。面对实力悬殊的处境，摩根仍与他展开殊死搏斗。最终，这名不可一世的毒枭终于得到了应有的下场。
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