《法证先锋2粤语》讲述法证部高级化验师Tim Sir（欧阳震华 饰）凭借渊博的知识和精湛的物证检验技术，屡次侦破奇案。他的下属兼好友阿Sam（林文龙 饰）是一名出色的法医，正准备与相恋多年的女友汀汀（钟嘉欣 饰）结婚。阿Sam的好友Ivan（郑嘉颖 饰）刚从英国归来，并在一次炸弹危机中成功将炸弹安全引爆，因此得到Tim Sir的另眼相看。
与此同时，扫毒组高级督察马帼英（佘诗曼 饰）带领手下追查香港大毒枭戴贵。戴贵逼走另一名毒枭石头勇，独霸香港毒品市场。扫毒组与法证部联手追查戴贵手下与外国毒贩的交易，正准备将得意洋洋的戴贵缉捕归案时，戴贵乘坐的汽车却突然发生爆炸。恰巧经过现场的汀汀和Tim Sir的女友、重案组高级督察小柔（蒙嘉慧 饰）受到波及，汀汀当场身亡，小柔则身受重伤。即将结婚的阿Sam得知噩耗后悲痛欲绝。随后，帼英调往重案组任职，并怀疑戴贵的爆炸案是石头勇回来报...
