香港SARS疫潮过后，城市终于逐渐走出阴霾。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友去世的消息，因无法释怀而情绪崩溃，并陷入深深的自责与抑郁之中。法医岑雅晴（黎姿饰）一直陪伴在他身边，鼓励他重新建立信心。
急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束一段恋情后，又与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）陷入复杂的三角关系。心脏科医生林敏智（陈豪饰）不幸感染SARS并留下后遗症，为了保全名声而选择隐瞒病情，结果却令身体状况日渐恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正筹划共同生活，却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临感情上的考验。
由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3粤语》，是《妙手仁心》系列的第三辑。监制戚其义与编剧周旭明再度携手打造这部“妙手系列”作品，整体风格延续前两辑的特色，并继续在医务人员协助下进行实景拍摄。
