《小白菜奇案》取材于清末震动朝野的杨乃武与小白菜冤案。清同治十二年（1873年）十月，浙江余杭镇豆腐店伙计葛品连突然病亡。葛品连的妻子毕秀姑因常穿绿衣白裙，被街坊称为“小白菜”。夫妻二人曾租住在举人杨乃武家的后屋，毕秀姑常与杨家往来，杨乃武还教她识字，因此引来流言。葛品连心生疑虑，后来搬离杨家。
葛品连病逝后，知县刘锡彤因与杨乃武素有嫌隙，认定杨乃武与毕秀姑通奸并合谋毒杀亲夫。他授意仵作将尸体状况解释为中毒，又对毕秀姑严刑逼供。毕秀姑受刑不过，被迫诬称杨乃武曾交给她砒霜。杨乃武拒不认罪，刘锡彤便设法革去他的举人身份，再施酷刑，迫使他作出“谋夫夺妇”的供词。
案件上报杭州府后，知府陈鲁继续滥施刑罚。为补足所谓买毒的证据，县衙威逼药铺伙计钱宝生作伪证，制造出杨乃武购置砒霜的假象。浙江巡抚杨昌睿未加查察，依照原案定罪，将案件上报刑部。
杨乃武在狱中写下诉状，由姐姐杨淑英带出。杨淑英与弟媳詹彩凤先后两次赴京申诉，得到夏同善、翁同龢等官员支持，案件终于引起朝廷重视。清廷派钦差胡瑞澜赴杭州复审，杨乃武和毕秀姑却再次遭受酷刑，被迫翻供。复审中，刑部发现案情疑点重重，遂下令不得用刑，并要求浙江方面将卷宗、人犯、证人以及葛品连的尸棺一并押解进京。
光绪二年十二月，刑部会同都察院、大理寺审理此案。杨乃武和毕秀姑当庭申辩，否认通奸谋毒，相关证人也陆续供出审案过程中的种种造假与逼供。开棺验尸后确认，葛品连是因病死亡，并非中毒。历时三年多的冤案终于真相大白，杨乃武与毕秀姑得以昭雪。
案件结案后，刘锡彤、陈鲁、边葆诚等多名涉案官员被革职或治罪，仵作沈祥、门丁沈彩泉等人也受到惩处，杨乃武则被革去举人身份，毕秀姑亦被杖责。出狱后的杨乃武以养蚕种桑为生，民国三年（1914年）因患疮疽病逝，享年74岁，葬于余杭镇西门外安山村。毕秀姑后来在南
