《黑眼睛2003》从一场惊心动魄的抢劫案展开：昏暗漫长的走廊尽头，一双穿着皮鞋的脚匆匆掠过，保安员常银的眼中闪过异样神色。紧接着，黑衣人举枪对准他，枪声响起，国宝“碧玉龙鼎”随即被抢走。
南哥暗中监视文森特的一举一动，却发现文森特与本市公安人员来往密切。恒星夜总会幕后老板狄海天和文森特虽然同属一条犯罪链条，却早已势同水火，彼此都想置对方于死地。狄海天查明阿龙是文森特的儿子后，便阴险地利用一无所知的阿龙对付文森特，企图让这对父子自相残杀。
海南省公安厅缴获了一批从境外走私入境的毒品，并查出这些毒品与本市多家夜总会有关。市公安局接到通报后，随即对各大夜总会展开严密调查。狄海天则故意前往马来西亚旅游，以此迷惑警方，随后通过假护照秘密回国，继续幕后指挥毒品和文物犯罪活动。
寻剑是“凌玉珍杀夫案”被告凌玉珍的辩护律师。在调查过程中，他最终发现凌玉珍并非真正凶手，而是被幕后人物以重金收买，并遭到暴力恐吓。警察周明凤是寻剑的女友，她一直追查“碧玉龙鼎”抢劫案，却意外发现这起案件与凌玉珍杀夫案中的诸多疑点彼此关联。随着证据逐渐浮出水面，幕后主使狄海天和文森特终于被锁定。抓捕狄海天时看似险象环生，最终他被周明凤一枪击中眉心并伏法；而南哥的落网过程则更加惊险，结局也出人意料。
