《水落石出2》讲述了东环市发生一起震动全城的枪杀案。案件究竟是黑帮仇杀，还是政治谋杀，重重疑云背后隐藏着怎样的真相？重案队长范刚临危受命，着手调查此案。
与此同时，一起看似普通的交通事故也疑点重重。目击者坚称事故其实是蓄意谋杀，重案队随即抓捕嫌疑人蒋四。然而，目击证人突然翻供，蒋四也在公安局内神秘失踪。经过缜密调查，本市最大的黑帮祥瑞集团及其孙氏兄弟逐渐浮出水面。
就在案件陷入僵局之时，蒋四突然现身西环市。重案队的纳净云、刘梦阳赶到时，蒋四却被孙氏兄弟派出的杀手二铁子灭口。为保护自身利益并打击重案队，孙氏兄弟设下陷阱，将罪名嫁祸给纳净云，致使他蒙受冤屈、身陷囹圄。
