玲珑局讲述了一段跨越十八年的宝藏恩怨。多年前，光绪皇帝秘密派天远舰王德彪前往南海属国押运一批宝藏回京。返程途中，天远舰遭到日本舰队拦截，王德彪身负重伤，只得率众退回家乡。此时光绪皇帝驾崩，王德彪无法复命，便将宝藏就地掩埋，并把藏宝图封存在锦盒中，将锦盒、钥匙机关和显影药水分别交给轮机手肖志仓、亲信沐老三和副舰长方炳坤保管。三人由此成为共同守护宝藏的人。王德彪嘱托他们，待大清出现明君之时，再取出宝藏造福国家百姓。
不久，王德彪被发现中镖死在荒郊。沐老三认出飞镖是肖志仓独有的暗器，认定肖志仓杀害了王德彪，准备为其报仇。肖志仓武功远胜沐老三，可回到家中后，却发现妻子惨死，二女儿失踪，于是将沐老三视为最大的嫌疑人。两人从此反目成仇，沐老三远走他乡，并独自抚养肖志仓的小女儿，给她取名沐晓英。
十八年后，故事在一座小渔村展开。沐晓英原本过着平静的生活，她精灵古怪、爱打抱不平，却因一场突如其来的变故陷入危局。她的父亲沐老三被怀疑与庙村客栈纵火案有关，案发造成三人死亡，而沐老三也随之失踪。在私家侦探方瀚文的帮助下，沐晓英决定前往天津卫寻找父亲，查明事情真相。
女警官肖雅杰很快发现了沐晓英的身份，试图通过抓捕她引出沐老三。方瀚文数次出手，帮助沐晓英躲过危机。然而，沐晓英逐渐得知，方瀚文不仅是肖雅杰的男朋友，还是天津警备司令方炳坤的儿子；而肖雅杰则是当地首富肖志仓的大女儿。随着两人的牵连，肖、方、沐三家再度因下一代紧密联系在一起。
方瀚文的真实身份是北洋政府的特别探员，此行负责查寻神秘宝藏的真相。由于目前唯一掌握的线索指向沐老三，他只能一路跟随沐晓英。肖雅杰和沐晓英都不知道父辈之间
