《凤临阁》讲述了明代正德年间发生在大同的一段传奇故事。年少的正德皇帝贪玩怠政，导致大太监刘谨逐渐专权。刘谨不仅勾结胡人，还暗中图谋篡权，皇太后和一众大臣因此忧心忡忡。
正德帝以观赏大同民俗为名，带着侍从小虫儿微服来到大同，暗中查访刘谨内外勾结的罪证。没想到，他在凤临阁用餐时意外卷入一桩命案，并结识了酒楼老板娘凤姐。原来，命案是市井泼皮曹虎一手策划，目的是陷害凤姐、夺走凤临阁的生意。曹虎仗着叔父曹总兵掌管大同，长期勾结官府、横行无忌，很快便将乔装成商贾侯公子的正德帝等人抓进牢中。凤姐也误以为侯公子是来栽赃陷害自己的。
曹总兵发现误抓的竟是皇上后惊慌失措，只得与知府商议，索性将错就错，暂不揭露正德帝的身份，并以秉公办案为名抓捕曹虎、释放正德帝。风波过后，凤姐得知自己误会了侯公子，心中十分不安。正德帝则被凤姐爽快泼辣、美貌动人的性格吸引，邀请她担任向导，一同游览云冈石窟等名胜。相处之中，他惊讶地发现，凤姐虽然只是民间女子，却对名胜古迹及其历史渊源十分熟悉。
京城中的刘谨察觉正德帝前往大同另有目的，后来却收到密报，得知皇帝只是游玩，并且迷上了一个民间女子，顿时放下戒心。他指使安插在正德帝身边的小虫儿伺机下毒，同时为了掌握顾命大臣李东阳的动向，忍痛将宠妾刘兰儿送给李东阳。小虫儿将毒药下入正德帝的茶中，可当正德帝准备饮用时，他终究不忍下手，打翻了毒茶。刘谨得知后冷笑不已，随即命人实施另一项计划：他早已与胡人串通，准备在云冈一带伏击正德帝。最终，伏击行动被曹总兵的人马击败。
李东阳派来的密探赶到大同，向正德帝告知朝廷局势混乱、刘谨已有谋反之心，劝他尽快回京。正德帝与凤姐依依惜别，曹总兵则以护驾为名，将三万兵马驻扎在京城郊外，以震慑刘谨。刘谨见状，故意导演舍命护驾、剜肉配药等苦肉戏，伪装成忠心耿耿的大臣。正德帝假意上当，反而重用刘谨，使朝中大
