《魔法少女小圆》中，鹿目圆（悠木碧 配音）是一名生活幸福、性格温柔善良的普通中学生。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的到来，打破了她原本平静的日常。这名外表冷峻、身体虚弱的黑长直少女，似乎对小圆隐瞒着某个难以启齿的秘密。
一次偶然的相遇中，小圆在路边救下了一只遍体鳞伤的奇怪动物。令她意外的是，这只动物不仅会说人话，还自称丘比（加藤英美里 配音）。丘比向小圆提出请求，希望她与自己签订契约，成为一名魔法少女。
魔法少女是这个世界中肩负着与魔女战斗使命的特殊存在，而作为交换，丘比能够实现她们的一个愿望。随着战斗逐渐展开，小圆发现，魔法少女远没有故事中描绘得那般美好，她们始终面临着牺牲的危险。与此同时，伴随战斗不断升级，一个与小圆息息相关的残酷真相，也正一点点浮出水面。
