《四月一日灵异事件簿第二季》继续讲述高中生四月一日君寻（福山润 配音）的故事。由于拥有异于常人的体质，他不仅能够看见鬼怪，还会不断吸引它们靠近。好友百目鬼（中井和哉 配音）和小葵（伊藤静 配音）同样身怀特殊能力：百目鬼能够驱除妖魔，而小葵则天生容易招来厄运。
在命运的安排下，四月一日来到壹原侑子（大原沙耶香 配音）经营的店铺。这里能够替人实现任何愿望，但前提是委托人必须付出相应的代价。为了摆脱鬼怪的纠缠，四月一日向侑子许下心愿，并以留在店中打工作为交换。之后，他又认识了拥有灵能力的少女五月七日小羽。
随着在店里工作的时间不断增加，四月一日开始穿梭于不同次元之间，接触到形形色色的不可思议现象。这一季中，他经历了更多与自身息息相关的事件，也逐渐看清自己与身边人之间纠缠不清的命运。梦境与现实、前世与未来彼此交错，而这一切正如侑子所说：世上不存在偶然，存在的只有必然。
