《乃木坂春香的秘密》的故事发生在私立白城学园。乃木坂春香（能登麻美子配音）是校内无人不知的名门千金，同学们在她面前总会不自觉地使用敬语，还为她冠上“白银星屑”“琴键上的公主”等美称，甚至成立了专门支持她的后援团。
绫濑裕人（羽多野涉配音）只是校园里一名再普通不过的男生，以他的身份和能力，本来不可能与春香产生交集。然而一次偶然的图书馆相遇，让他意外发现了春香深藏的秘密：这位外表温文尔雅、知书达理的大小姐，实际上竟是一个超级御宅族。秘密的揭开打破了两人之间的距离，裕人与春香逐渐熟悉起来，并在相处过程中慢慢萌生出真挚的感情。
