《潜行吧！奈亚子》讲述了普通高中生八坂真寻（喜多村英梨 配音）的离奇遭遇。某天，真寻在路上突然遭到不明生物袭击，危急关头，一名银发少女从天而降，将他从死亡边缘救了回来。少女名叫奈亚子（阿澄佳奈 配音），自称来自外星球，是邪神的化身，此次来到地球正是为了保护真寻。
从那以后，奈亚子便开始与真寻形影不离地生活在一起。与此同时，外表冷漠、性格糟糕的变态少女克子（松来未佑 配音），以及胆小害羞却拥有强大力量的莲太（钉宫理惠 配音）也相继出现在真寻身边。随着这些性格各异的外星人接连闯入他的生活，真寻原本平静的日子彻底一去不复返。
