桐人、尤吉欧与爱丽丝击败最高祭司阿多米尼斯多雷特后，已经过去了半年。战斗结束后，爱丽丝回到了故乡卢利特村，而陪在她身边的桐人，不仅失去了挚友，也失去了手臂与心。爱丽丝竭尽全力支撑着他，却始终无法找回曾经作为骑士的坚定意志。面对这样的桐人，她只能无助地问道：“告诉我，桐人……我究竟该怎么办？”
与此同时，将整个Underworld引向悲剧的“最终压力测试”正在步步逼近。仿佛受到某种召唤一般，沉睡于“黑暗领域”深处的暗黑神贝库达重新复活，并率领暗黑帝国的军队，为夺取“光之巫女”向“人界”发动进攻。贝尔库利等人肩负起指挥“人界”军队的重任，决心与“黑暗领域”的大军展开一场前所未有的战争。然而，在这场关乎世界存亡的战斗中，爱丽丝以及曾拯救“人界”的两位英雄却都不见踪影。《刀剑神域》系列中篇幅最长、战斗场面最为壮烈的“Alicization”篇，最终章就此拉开帷幕。
