危险代理人讲述了一个距离现在不远的未来东京。随着科技进步，人们已经开始使用氢气电池和人型机器人，然而犯罪检举率却逐渐下降，失业率不断攀升，社会也变得越来越不安定。表面上，这座城市与今天一样繁华林立，实际上，混乱的阴影早已笼罩街头。
在这样的东京，海空来、原田和黑川共同经营着一家名为DSA的危险代理公司，全称为DANGER SERVICE AGENCY。无论委托内容是否合法，只要有人提出要求，他们都会接手。喜欢李小龙的美少女海空来（みくら）、掌握诡异科学技术的工程师原田（はらだ），以及曾经当过刑警、如今沉迷面食的老伯黑川（くろかわ），三人把居住大楼屋顶上一辆改造过的伦敦巴士作为办公室兼住所，那里也是DSA的基地。
秉持着“不接受既要卖命又赚不到钱的委托”这一原则的DSA，为何每次接到的工作，最后都会变成赌上性命的危险任务？海空来的飞踢伴随着怒吼，原田的枪口喷吐火舌，黑川则悠闲地品尝乌龙面。在这座危机四伏的东京，三人的性命始终如同风中残烛。
