海神航是个对周遭一切都漠不关心、只知道埋头读书的少年。故事开始于喧闹的东京，正值考试放榜，航和同窗好友灿绪一同前去查看成绩。原以为考上学校是理所当然的他，却意外发现榜单上没有自己的编号，原来竟是因为填错了多项选择题的答案。升学无望之际，一直照料航的管家也即将离他而去。
就在航陷入人生低谷时，两名神秘人突然现身，向他道贺，并告知他获推荐入读一所神秘学校。这所学校坐落于名为Promised Island的神秘岛屿上。航起初极不情愿，但由于别无选择，只能启程前往。抵达岛上后，他很快发现这里处处透着古怪：那位疑似管家的老人不断乔装成不同身份出现在自己身边，而更令人震惊的是，十二名美丽可爱的女孩接连出现，并纷纷自称是航的妹妹。
就这样，航开始与十二位性格各异的“妹妹”共同生活在岛上，人生也由此翻开了华丽的新篇章。与此同时，一名叫真深的女孩冒充航的第十三位妹妹，混入Welcome House，与航和其他妹妹住在一起，暗中监视航的一举一动。她还经常通过电子邮件与神秘人联系，而他们的目的，正是让航重新回到那个看不到希望的东京。
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