神的记事本讲述了普通高中生藤岛鸣海（松冈祯丞配音）的故事。一天，他在闹市区后巷目睹了一起突发事件。没过多久，鸣海被同班同学彩夏带到她打工的花丸拉面店，意外发现当天遇到的三个可疑人物也在那里：精通柏青哥的阿哲、热衷军事的少校，以及外表俊美的宏哥。三人自称尼特族侦探，而困惑不已的鸣海也在阴差阳错之下被带到了NEET侦探事务所，并在那里见到了神秘少女爱丽丝（小仓唯配音）。
爱丽丝看起来是个深居不出的家里蹲，实际上却是一名技术高超的网络黑客。她凭借自身能力接受各种委托，作为尼特族侦探解决事件。机缘巧合之下，鸣海成为爱丽丝的助手，开始协助她调查案件。这个平凡、缺乏存在感的高中生，能否在尼特族侦探团中发挥自己的作用？一向不愿与他人建立过多联系的鸣海，又会与爱丽丝及侦探团成员之间产生怎样的羁绊？
