高町奈叶（田村由香里 配音）原本只是一个平凡的高中三年级学生。一天上学途中，她遇到了来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）。尤诺正在寻找散落在人间的太古遗产“圣石之种”。这种宝物蕴含着强大的能量，若放任不管，极有可能给人间界带来严重破坏。经历一连串波折后，奈叶成为协助尤诺回收圣石之种的魔法少女，就此踏上了充满危险与刺激的奇幻旅程。
不久，一名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在奈叶面前。她同样肩负着回收圣石之种的使命，因此与奈叶成为彼此竞争的对手。面对实力强劲的菲特，奈叶能否取得胜利？而对菲特而言，温柔又努力的奈叶究竟是怎样的存在？
