《惊爆草莓》的故事发生在阿斯特拉艾亚的山丘上。这里坐落着三所女子学校：圣米雅特尔女子学园、圣斯毕卡女子学院和圣露·莉姆女子学校，而在山丘尽头，还有三校学生共同居住的草莓宿舍。阿斯特拉艾亚是禁止男性进入的神圣领域，少女们在这里度过与世隔绝的校园生活。
因为一些原因，渚砂被编入圣米雅特尔女子学园四年级。由于学校实行初高中一贯制，这个年级实际上相当于高中一年级。怀着对新生活的期待与不安，渚砂在入学第一天遇见了所有学生都憧憬的艾特瓦尔花园静马。艾特瓦尔在法语中意为星星，是统辖三校学生会、拥有至高地位与权威的存在，同时也承担着沉重的责任与义务。
初次见到静马时，渚砂便被她无与伦比的美貌深深吸引，身体也在不知不觉间无法动弹。静马则温柔地注视着眼前的渚砂，伸出双手，缓缓靠近她的脸庞，然后……一段年级与学校各不相同、交织着少女们各种回忆的百合校园生活，就此在这座神秘的秘密花园中展开。
