《校园外星人》（異形特攻學園）讲述了一个距离现在并不遥远的未来世界。那时，外星人随处可见，人们早已见怪不怪，就连小学里也经常会出现他们的身影。学校会为每名学生分配不同的职责，例如生活股长、卫生股长、饲育股长，当然也包括负责处理外星事件的“异形应变小组”。
这一次，百合、久美和小霞三个女生不幸被选入了这个小组。虽然校内出现外星人早已不是什么新鲜事，但面对那些又湿又黏的异星生物，大家多少还是会感到恶心，因此谁都不愿成为最不受同学欢迎的“异形应变小组”成员。然而，身为小组成员的久美和小霞不仅是出色的资优生，还是主动要求担任这项工作的。接下来，三人又将遭遇怎样的困难呢？
