侦探柯南剧场版 日语版讲述了柯南、小兰一行人前往米花市市政大厅参加全新游戏茧的发布会。由于这款游戏与以往截然不同，甚至可能彻底改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了日本政界、财经界和演艺界等上流社会人士到场。50名游戏体验者大多是这些名流的后代，新一的父亲、著名推理小说家工藤优作也因参与游戏故事编写而出席。
就在发布会现场人声鼎沸之际，游戏研发者兼负责人坚村却在地下室遭到杀害。柯南发现，坚村临死前曾在键盘的J、T、R键上留下血迹，由此推测案件的答案或许隐藏在游戏之中。借助工藤优作的关系，柯南成功加入体验者队伍，小兰、灰原哀等人也获得了入场资格。
50名体验者分别进入外形如同蚕茧的大型胶囊后，游戏突然被自称诺亚方舟的人工智能接管。诺亚方舟宣布，游戏准备了5个完全真实的历史场景，体验者可以选择其中一个进入；一旦被淘汰，便会陷入休眠状态，而如果最终没有人抵达终点，所有人的脑组织都将被摧毁。它声称，这一切是为了让日本社会获得重生。
柯南、小兰、灰原哀以及几名傲慢无礼的上流社会公子哥进入了19世纪的伦敦贝克街。此时，杀人犯开膛手杰克正在那里制造混乱，而柯南寻找的答案，正隐藏在他身上。与此同时，工藤优作也在现实世界中着手调查这起案件。
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