某天，双叶幼稚园的孩子们正在船屋中开心玩耍，神秘人物美色（三石琴乃配音）突然出现。就在这时，一艘巨大的飞船从天而降，将整座船屋一把抓走。风间（真柴摩利配音）、小新（矢岛晶子配音）等来不及逃脱的孩子，也随船屋一同消失在空中。
得知小新失踪后，美伢（楢桥美纪配音）和广志（藤原启治配音）焦急万分。此时，一名代号为“肌肉”的男子（玄田哲章配音）出现在他们面前。肌肉显然知晓小新的下落以及整起事件的真相，却不愿带着美伢和广志去寻找小新。两人顺着零碎线索展开追查，最终得知小新身在香港。于是，他们赶往香港，并在那里再次遇见肌肉，随后一同前往神秘组织“猪蹄组”的巢穴。
