元军攻打日本之时，中国大陆的妖怪也渡海东行，企图夺取死者的魂魄。抵达日本后，它们与犬夜叉的父亲斗牙王展开激战，最终被斗牙王封印在自己的牙齿之中。
时光流转至战国时代，一枚四魂之玉碎片飞入不归之森，唤醒了大陆妖怪首领的儿子玛瑙丸。为了解除斗牙王牙齿中的封印、夺回其中蕴藏的力量，玛瑙丸命令手下琉璃和玻璃设下圈套，将犬夜叉一行人引入不归之森，并诱使犬夜叉以铁碎牙斩断结界。随着结界消失，沉睡了上百年的力量逐渐复苏，玛瑙丸也因此变得愈发强大。
与此同时，玻璃和琉璃分别夺走珊瑚的云母与法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战。另一边，戈薇的意识受到玛瑙丸控制，只能被迫再次用箭将犬夜叉封印。随后，她又被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……
