《管家后宫学园》讲述了日野秋晴（兴津和幸 配音）的故事。自幼失去双亲的他被叔父收养，坎坷的成长经历让他早早背负起沉重的命运。以培养完美大小姐闻名于世的白丽陵高中，近期开设了“从育科”，专门训练能够侍奉大小姐的管家与女仆。秋晴凭借考试合格进入这所学校，成为其中一名新生。
然而，由于独特的外表和凶狠的眼神，他很快被同学们视作难以接近的异类。更令秋晴意外的是，他在校园里重逢了童年玩伴彩京朋美（川澄绫子 配音）。表面上纯真无害的朋美，实际上性格腹黑，而她正是秋晴童年记忆中留下深刻创伤的人。这次意外相遇，究竟会为秋晴带来新的开始，还是让那段挥之不去的噩梦再次延续？
