《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》讲述了御門千早的故事。千早容貌出众、文武双全，却因身为外交官的父亲做出令人无法理解的举动而对男性产生不信任，甚至逐渐发展为对人际关系的全面失望，最终拒绝前往原本就读的高中。母亲妙子不忍看他继续消沉，强行将他转入自己曾经就读的圣应女学院，并要求他以“妃宫千早”的身份女装入学。
来到学院后，千早与曾经帮助自己摆脱搭讪男子纠缠的少女薫子重逢，并开始了宿舍生活。凭借俊美的外表、温柔娴雅的举止以及优异的成绩，千早渐渐成为学院中备受瞩目的学生。
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