《暗夜第六感2041》中的NIGHT HEAD，即第6感，指的是人类尚未使用的70%脑容量。据说，人类那些不可思议的力量就隐藏在这部分大脑之中。
兄弟雾原直人和雾原直也是拥有超能力的异能者。直人的能力是念动力，直也则拥有读心术和预知能力。直人十分疼爱弟弟，始终为直也着想，是一个尽职尽责的哥哥。两人自幼被带离家庭，送往研究所，并在那里生活了15年。为了保护他们，岬老人曾在研究所设下结界，使兄弟二人一直无法接触外面的世界。
岬老人去世后，结界随之消失，直人带着直也逃离研究所，兄弟俩开始在外界生活。然而，他们所拥有的超能力也吸引来了充斥于外界的负面能量，各种诡异事件接连发生。仿佛被某种力量引导一般，神秘少女双海翔子也出现在他们面前。所谓的变革究竟是什么，而美崎到底是……
