故事讲述了少年和哉在与袭击人类的异次元体NOVA交战时失去姐姐青井和叶后的经历。青井和叶曾是能够与NOVA战斗的传奇潘多拉，为了继承姐姐的遗志，和哉进入了专门培养潘多拉及其制御者的杰尼提克斯，并成为被称为禁止接触女王的少女莎缇莱萨·艾尔·布丽姬的制御者。自此，他的人生发生了巨大改变。
和哉逐渐喜欢上了拥有姐姐身影的莎缇莱萨。即使屡屡遭到拒绝，他依然坚持与她并肩奔赴战场，两人的距离也在相处中慢慢拉近。此时，杰尼提克斯的上层机构修吧里诶下达命令，将和哉派往位于阿拉斯加的基地。那里正在推进针对NOVA的新作战方案，以及通过人工方式制造潘多拉的E潘多拉计划。
