《青之驱魔师》中，奥村磷（冈本信彦 配音）从小由神父藤本狮郎（藤原启治 配音）抚养长大。直到有一天，他得知自己竟是撒旦之子，而养父的惨死也令他决心踏上驱魔师之路。
磷所处的世界由“物质界”和“虚无界”构成：人类生活在物质界，虚无界则是凶恶魔鬼徘徊的领域。随着身边不断发生伤害事件，磷逐渐察觉，一些来自虚无界的恶魔正趁机侵入人类世界。为了守护同类、伸张正义，他毅然承担起驱魔的责任。在弟弟奥村雪男（福山润 配音）的协助下，磷一步步追查事件背后的真相，却发现引发这场混乱的幕后元凶，或许就隐藏在他们身边。
