《夜樱四重奏》的故事发生在樱新小镇。表面上，这里的人类与妖怪一直和平共处，然而，樱花的盛放却暗示着危机正在逼近。随着越来越多的妖怪涌入小镇，人类与妖怪的世界逐渐发生融合。为应对接连而来的变故，“比泉生活协商事务所”的成员们决定挺身而出。
开朗乐观、正义感十足的枪樱姬（福圆美里配音），稳重可靠、性格温和的比泉秋名（梶裕贵配音），单纯可爱、乖巧懂事的七海蓝（藤田咲配音），以及爽快大方、能够使用言灵的五十音言叶（泽城美雪饰），在伙伴们的支持与帮助下，不仅要处理小镇中不断发生的突发事件，还要面对潜藏于樱新小镇内部、错综复杂的权力纷争。
