奈克瑟斯奥特曼的故事发生在遥远的未来。异生兽肆意横行，严重威胁着人类的安全。为抵御异兽侵袭，日本政府组建了防卫组织TLT，而拥有顶尖战斗力与强大武器的夜袭队，则是其中最重要的核心力量。
然而，面对不断进化、实力更为强悍的新型异生兽，即使是夜袭队也逐渐陷入苦战。就在这危急时刻，光之巨人奈克瑟斯奥特曼及其适能者姫矢准（桐岛优介 饰）现身。在奈克瑟斯创造的美塔领域内，奥特曼与异兽展开了激烈交锋。
TLT的新成员孤门一辉（川久保拓司 饰）亲眼见识到奈克瑟斯奥特曼的强大力量后，开始对奥特曼的真实起源，以及姫矢准那段神秘的过往产生浓厚兴趣。
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