《EVA爆笑学园》的故事发生在第3新东京世立NERV学园。学校校长是性格严肃、沉默寡言的碇原度（立木文彦配音），身为校长之子的碇真嗣（绪方惠美配音）因此承受着不小的压力。与此同时，来自外国的红发转学生明日香（宫村优子配音），以及分裂成三个、以姐妹身份登场的凌波丽（林原惠美配音），也让真嗣的校园生活彻底发生改变。就连原作中高大帅气的初号机，在这里也化身为娇小可爱的学院成员。
本作以《新世纪福音战士》中的角色为原型，抛开原作沉重严肃的氛围，转而描绘一段轻松欢快的校园日常。制作方首次采用3D Q版造型，并结合实景背景与2D画面拼接，呈现出风格多样的视觉效果。
