21世纪，地球重新恢复了往日的和平。然而，一颗陨石突然从宇宙坠落，其中还藏着一个人工制造的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊得知，地球即将面临一场巨大的灾难。与此同时，预言中的两大怪兽“哥路渣”和“米路巴”相继出现。为阻止灾难降临，GUTS小队按照预言展开行动，寻找被收藏在金字塔中的三大巨人石像。
经过一番搜寻，队员们终于找到了金字塔，但两大怪兽也随之赶到。尽管GUTS小队拼尽全力守护，三座巨像仍有两座被摧毁，只剩下一座。危急时刻，队员大伍的战机遭到击中，逃生装置也失灵。就在生死关头，大伍突然化作一道光，与最后一座石像融为一体。光之巨人迪迦因此复活，并与两大怪兽展开激战。
