《青春草莓蛋》的故事发生在青鞜三之宫学院。这所学校校规严苛，奉行“男卑女尊”的风气，校园里的苦活累活全由男生承担，女生则处于绝对优越的地位。学院甚至拒绝聘用男教师，形成了独特的男女秩序。
刚从大学毕业的天和响（岸祐二配音）怀抱着在教育界闯出一番事业的热情，却因急着支付房租而不得不寻找工作。在房东老太太的建议下，他决定男扮女装，进入三之宫学院任教。凭借这层伪装，天和响如愿成为一名体育老师。然而，对他而言，这份工作并非梦想的起点，而是一场麻烦不断的挑战。除了层出不穷的问题，他还要面对对自己虎视眈眈的校长。
