“第二次冲击”这场席卷世界的巨大灾难过后，人类在满目疮痍的废墟上重新建立起生活。14岁的少年碇真嗣接到父亲碇元渡的召唤，独自前往第3新东京市，原以为等待自己的会是父亲的迎接，没想到刚抵达便目睹了名为“使徒”的巨大生物与军队展开激战。
危急时刻，特务机关NERV的葛成美里救下真嗣，并将他带到由碇元渡统领的NERV总部。然而，父亲没有给予久别重逢的温情，反而冷酷地下令，让真嗣驾驶名为“EVA”的巨大人型机器人迎战使徒。原本明确拒绝作战的真嗣，在看到身受重伤的替补驾驶员绫波丽后，最终选择服从命令。
就这样，一个从未接受过战斗训练的14岁少年，驾驶EVA初号机踏上了对抗使徒的战场。随着使徒接连来袭，身份成谜的绫波丽、从德国前来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，也相继进入他的世界。面对远远超出自身能力的挑战，真嗣被迫不断成长，而碇元渡则始终冷眼注视着一切。与此同时，一个名为“人类补完计划”的神秘计划，正按照他的设想逐步推进。
