《高达 G之复国运动》的故事发生在宇宙移民与宇宙战争的历史——宇宙世纪结束之后。随着时间流逝，人类进入了新的时代——Regild Century（R.C.），并逐渐享受繁荣与和平。
R.C.1014年，连接地球与宇宙、直插大地的轨道天梯Capital Tower（首都塔），负责从宇宙向人类输送作为地球能源的Photon Battery，因此被视为圣地。Capital Guard守护组织的候补生贝尔利·杰纳姆在首次飞行时，遭到一台来历不明的MS——G-SELF袭击。他驾驶维修检查用MS迎战，并成功将其捕获。
然而，贝尔利却对G-SELF的驾驶者、名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种特别的感觉。更令人意外的是，这台必须满足特定条件才能启动的G-SELF，竟然对贝尔利作出了反应。宇宙海贼与アイーダ此行的目的、被G-SELF选中的贝尔利将面临怎样的命运，以及足以撼动整个R.C.时代的真相，都将在这场名为Reconguista的旅程中逐渐揭开。
