《四月一日灵异事件簿第一季》讲述了高中生四月一日君寻（福山润配音）的奇异遭遇。他天生拥有令自己苦恼的灵异体质，总会在无意间招来各种灵体。某天，他偶然走进一家神秘的魔法商店，遇见了美丽而神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香配音）。郁子告诉他，这是一家能够帮助人实现愿望的商店。为了摆脱自己的特殊体质，四月一日君寻许下了愿望，却发现愿望的代价十分昂贵，只得留在店中打工偿还欠款。
在此期间，他结识了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉配音）、总是被厄运纠缠的九轩葵（伊藤静配音），以及外形古怪、名叫魔可拿的宠物。随着一次次处理与愿望有关的事件，四月一日君寻逐渐明白，愿望有善有恶，有的简单纯粹，也有些无论付出多少努力都无法实现。人性、命运、必然与偶然交织在一起，而这一切似乎都在店主壹原郁子的掌控之中。
