名侦探柯南OVA4的故事发生在一列由东京驶往大阪的特快列车上。车上有一位身份尊贵的特殊乘客——来自欧洲英格拉姆帝国的女王莎莉贝丝，以及陪同在旁的年幼王子菲利浦。女王随身携带着欧洲最大的宝石水晶之母，因此引来了怪盗基德的觊觎。为确保宝石安全，女王身边安排了大批保镖和警察，中森警官作为日本警方的总代表负责警戒，而他的女儿青子和基德的真实身份黑羽快斗也同在列车之中。
预告时间逐渐逼近，快斗却迟迟未能查明宝石真正的藏匿位置。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔与罗丝也悄悄尾随而来，打算等基德得手后伺机夺走宝石。正在列车上的柯南，则从一名伪装成乘务员的罗丝身上察觉到了异常。围绕水晶之母的激烈攻防战，就此拉开序幕。
