《遗迹守护者1998》的故事围绕民间组织阿卡姆展开。这个组织受到远古文明遗留下来的讯息启发而成立，职责是保护并封印超古代文明留下的危险遗迹。阿卡姆中的特殊工作人员被称为SPRIGGAN，其中最强的特工，是年仅十七岁的少年御神苗优（森久保祥太郎配音）。
一次在土耳其展开的调查行动中，阿卡姆意外发现了传说中的诺亚方舟。这个远古遗迹蕴藏着足以毁灭世界的神秘力量，消息传出后，各方势力纷纷将目光投向方舟。美国派出一支由半机械改造人组成的小队，与阿卡姆展开激烈的遗迹争夺战。与此同时，一名自称为神的改造人少年企图擅自利用诺亚方舟，引发第二次洪水，让世界走向毁灭。面对这场疯狂的灭世计划，御神苗优能否及时阻止对方？人类的未来又将何去何从？
