二十世纪初的日本正处于太正时代。自明治维新以来，文明开化已持续五十余年，西洋文化与日本传统彼此交融，使帝都东京发展成一座现代与古老并存的繁华都市。鳞次栉比的建筑遍布街头，蒸汽铁道和地下铁道交织延伸，马车、人力车与蒸汽车往来不息。然而在这片繁荣之下，怪物与咒术等超现实存在也潜藏于城市之中。
为了迎战从地底现身的强大魔物降魔，陆军组建了由将校中的灵能者组成的特殊部队对降魔部队。部队中拥有二刀二剑传承的四位继承者，分别是持有神刀灭却的米田一基、持有光刀无形的山崎真之介、持有神剑白羽鸟的藤枝菖蒲，以及持有灵剑荒鹰的真宫寺一马。他们凭借自身血肉之躯和手中的神剑与魔物浴血奋战，这场战斗后来被称为降魔战争。
战局最危急之时，对降魔部队不得不启用最后的手段，以魔神器发动破邪之血。魔神器是自日本上古时代流传下来的三种祭器，由剑、珠、玉组成，能够增强使用者的魔力。继承真宫寺家破邪之血的一马以自己的生命为代价，借助魔神器将降魔封印，而山崎真之介也在这场战斗中失踪。
太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织黑之巢会开始暗中活动。憎恨近代文明、企图恢复德川幕府统治的天海，率领死天王葵叉丹、弥勒、修罗和罗刹，操纵以古代咒法制造的魔物魔操机兵，在帝都展开大规模破坏。为了抵御新的威胁、保护帝都与民众，在花小路伯爵的大力支持下，直属于新政府的对降魔组织帝国华击团花组正式成立，简称帝击。
在米田一基与藤枝菖蒲的领导下，花组汇聚了六名拥有强大灵力的少女：真宫寺一马之女、灵剑荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅忠义的孙女、擅长神崎风尘流长刀术的神崎堇；曾被誉为食火鸟、参加过俄国革命的玛丽亚·橘；自幼因超常灵力而与世隔绝、年仅
