《药师寺凉子怪奇事件簿》中，泉田准一郎（木内秀信配音）曾怀揣着成为推理小说式名侦探的理想报考警察学校，但时至33岁，他依旧只是警视厅一名普通的警部补。一次意外的调任，让他成为了被称为驱魔娘娘的药师寺凉子（生天目仁美配音）的部下，也由此开启了注定不太平的生活。
凉子年仅27岁便升任警视，不仅是保全公司老板的千金，还拥有极高的智商。然而，她傲慢强势的性格和令人捉摸不透的恶作剧心思，也让身边的同僚对她敬而远之。泉田就这样开始了听命于凉子的日子，除了处处忍让，还要提防凉子最大的对手室町由纪子（桑岛法子配音）的纠缠。
与此同时，凉子身边不断发生着超出自然科学解释范围的怪异事件。为了查明真相，这对主从搭档穿梭于城市各处，在接连不断的诡异案件中展开调查。
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