《攻壳机动队：崛起1》讲述了攻壳机动队成立前夕一桩鲜为人知，却意义深远的案件。
2027年6月6日，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在繁华街头遭人杀害。此前，他曾因卷入军火交易贿赂丑闻而深陷其中，因此这场死亡背后隐藏着诸多疑点。一个阴雨连绵的夜晚，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）为取回真室中佐的电子脑，来到他的墓地，并在那里首次遇见了生化人草薙素子（坂本真绫 配音）。
此时的草薙还是501机关负责调查网络犯罪的军人。为了替自己敬重的真室中佐洗清冤屈，也为了查明他的遇害真相，她来到墓地展开调查。然而令人意外的是，棺木中的真室中佐早已不知所踪。随后，在荒卷大辅的委托下，草薙正式踏上追查之路，并在危机四伏的调查过程中结识了前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）以及当时任职于新滨县警署的刑警陀古萨（新垣樽助 配音）。随着线索不断浮现，这起充满谜团的案件将草薙一行人引向一个无人知晓的方向……
本片改编自士郎正宗的原作。
