《摇曳百合第一季》讲述了天然呆少女灯里（三上枝织 配音）成为初中生后的校园生活。入学第一天，她加入了好友京子（大坪由佳 配音）和结衣（津田美波 配音）所在的“娱乐部”。这个所谓的社团，其实只是几个女孩占用了已经废部的茶道社教室，平时的活动也不过是喝茶、聊天，悠闲地打发时间。
灯里的同班同学千夏（大久保瑠美 配音）因为憧憬隶属茶道社的姐姐，机缘巧合之下也加入了娱乐部。就这样，四名少女开始了轻松欢乐、又夹杂着些许百合情愫的校园日常。京子格外喜欢外表可爱的千夏，而千夏则倾心于温柔体贴、很会照顾人的结衣，作为主人公的灯里反倒在不知不觉间被冷落。为了改变这种状况，大家在娱乐部召开讨论会，却由此引发了一连串爆笑事件。
与此同时，娱乐部擅自占用教室的行为也引起了学生会的注意。面对可能被废部的危机，四名少女能否保住这个属于她们的社团？
