《糖果男孩EX》讲述了双胞胎姐妹樱井雪乃（柚木凉香 配音）与樱井奏（生天目仁美 配音）的故事。两人从出生起便形影不离，即使升入高中，也依旧沉浸在安静而幸福的二人生活中。然而，神山咲夜（加藤英美里 配音）的出现，打破了姐妹之间一贯的平衡。
奏发现咲夜似乎与雪乃关系亲近，误以为两人之间萌生了感情。为了给她们留下相处的空间，奏压下心中的失落，开始刻意躲避雪乃。曾经亲密无间的姐妹因此逐渐疏远，而在这段充满波折的过程中，雪乃也终于察觉到自己深藏已久的心意。最终，两人坦诚相对，互相表白了感情，并从此幸福地生活在一起。
