2002年，日本接连发生多起离奇的人口失踪案件。记者城户真司为了追查真相，来到失踪者之一榊原耕一的住处调查，并在那里发现了一个神秘卡盒。一次意外中，真司借助卡盒的力量变身为假面骑士龙骑，随后结识了另一名Rider——假面骑士KNIGHT秋山莲，以及神崎士郎的妹妹神崎优衣。
真司成为Rider，是为了保护人类并阻止Rider之间的战斗；而不愿战斗的莲，则为了拯救自己的爱人，被迫与其他Rider交战。随着更多Rider出现，战斗愈发激烈，尽管真司不断努力阻止，牺牲者仍接连出现。战斗进入后期，真司终于得知，神崎士郎发动Rider之战的真正目的，是为了拯救优衣。
原来，优衣在童年时便已死去，如今支撑她生命的是镜世界中的另一个优衣所给予的生命，而这份生命将在她年满20岁时耗尽，届时优衣也会消失。早已知晓真相的神崎士郎，希望将最后一名Rider的生命转给优衣，因此策划了这场残酷的战斗。真司明白，想要拯救优衣，就必须继续战斗，于是不得不在阻止Rider之战与拯救优衣之间作出抉择。
得知哥哥真正目的的优衣，为了终结战斗，甘愿放弃这份新生命，并最终在神崎士郎面前消失。受到优衣影响的真司决定继续为保护人类而战，却在保护一名女孩时遭怪物袭击，身受重伤而死。莲成为最后的Rider，成功让爱人苏醒，但自己也因伤势过重而死去。
战斗结束后，神崎士郎回到过去，再次试图发动Rider之战，却被优衣阻止。最终，神崎士郎改变了过去，使Rider之间的战斗不再发生。所有人都回归平凡生活，而优衣也在童年时期便已死去。
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