《黑礁第二季》讲述了日本上班族冈岛绿郎前往东南亚出差时，被近似海盗的运输商“BLACK LAGOON”成员绑架的故事。为了保守公司机密，公司派出雇佣兵试图灭口，成为人质的冈岛却凭借智慧从绝境中逃脱。得知自己已被公司抛弃后，他放弃原本的姓名与立场，改名为Rock，并加入“BLACK LAGOON”。
在原军人老板Dutch、机械工Benny以及拥有“双枪”之名的枪手Revy身边，Rock乘坐经过改造的鱼雷艇“BLACK LAGOON号”，驰骋于南方海域，经营运输业，偶尔也会接下触犯法律的工作。作为团队中的美女双枪侠，Revy几乎能够胜任任何危险任务，面对敌人时往往拔枪便轰杀，战斗干脆利落。
作品没有花哨的招式、造型怪异的奇门兵器，也没有多余的对白，而是以流畅、有力、直截了当的动作场面营造出类似好莱坞大片的爽快气势。它并非由高尚主角和浪漫对白堆砌而成的故事，观众无需过度分析，只需尽情享受黑礁成员在枪火与危机中闯荡的快感。
