《忍者神龟第一季》的故事跨越了十个世纪。大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井。唐井恰好是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人，阿特姆施莱德因此将自己掌握的忍者技艺全部传授给她。由于地球科技不断发展，他可能即将返回太空，于是便将唐井立为继承人，并向她坦白了自己身为外星人的真相。
后来，阿特姆施莱德追随着其他逃亡阿特姆的踪迹来到美国，并很快获得纽约市长颁发的城市金钥匙。他凭借庞大的财富成为纽约最大的资产家，拥有全市最高的大厦，同时暗中掌控着整座城市的黑势力。与此同时，他残忍地杀害了身在美国的守护者滨户良。守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士。此前，滨户良曾多次请求天狗施莱德的五龙忍者裁判所出手，协助自己击败这名阿特姆施莱德，但裁判所只关心被封印的天狗，认为阿特姆施莱德只是冒牌货，没有必要与他计较。这样的态度激怒了阿特姆施莱德。滨户良也曾因朋友背叛而跟随阿特姆流亡者离开日本，最终却还是在美国遭到杀害。
滨户良的宠物鼠斯普林特侥幸逃脱，并在纽约下水道中意外与另外四只乌龟一起接触到阿特姆制造的变异液体。五个生物因此变成了接近人形的变异生物，新一代忍者神龟就此诞生。斯普林特开始教导四只乌龟滨户良留下的忍术和知识，希望他们有朝一日能够为自己的主人复仇。
2003年的某一天，已经长大并逐渐展露实力的忍者神龟终于遇到了宿敌施莱德。施莱德试图拉拢神龟中的李奥纳多，让他为自己效力，但遭到了拒绝。阿特姆施莱德随即显露出邪恶本性，与神龟们展开了第一次交锋。最终，在斯普林特的帮助下，神龟们合力将他击退。
不久之后，施莱德展开报复，并将李奥打成重伤。李奥在朋友的帮助下逃脱，经过休养后，忍者神龟再次返回纽约，与施莱德展开第二
