幽冥女王的兄長阿達武士（Rito）加入侵略地球的隊伍，並以壓倒性的力量擊敗金剛戰士，摧毀大連王與戰鬥白虎，連指揮中心也在戰鬥中嚴重損毀，導致金剛戰士失去超異能。宙威利用指揮中心殘存的能量，將失去力量的戰士送往忍者神廟，請他們尋找能製造超異能硬幣的忍者戰士（Ninjor）。途中雖遭阿達武士派出的食人鳥追擊，眾人仍順利抵達神廟，獲得全新的超異能、忍者造型的變身型態，以及忍者機械獸（Ninja Zords）。
其後，巴布猴、怪頭陀和魚匠人找到失落已久的無敵戰將（Shogun Zords），玄冥大帝等人便奪走小晴的超異能硬幣與大明的戰鬥鷹，企圖脅迫金剛戰士替他們駕駛無敵戰將征服地球。大明潛入暗月宮，在千鈞一髮之際奪回硬幣與戰鬥鷹；比利也在操縱無敵戰將時成功奪取控制權，最終粉碎玄冥大帝的計畫，並讓金剛戰士多出五架強大的新機械獸。
為了追尋自己的理想，小晴決定離隊參加體操大賽訓練。原本受幽冥女王施咒、被迫加害金剛戰士的凱特（Katherine）解除魔咒後，接替小晴成為新的粉紅戰士。然而不久後，幽冥女王的父親終極魔王施展魔法倒轉時間，使金剛戰士全都恢復成孩童，也因此失去了超異能。為了抵抗外敵入侵，宙威從水柔星請來外星戰士，故事也由此進入第三季的特別篇。
變回孩童的戰士們中，只有比利透過機器迅速恢復原狀，其他人則分赴各地尋找奇奧水晶碎片，希望集齊水晶後施展魔力，讓地球恢復原貌。伊莎前往非洲尋找水晶時，意外與失散已久的遠親重逢，並決定留在當地，改由表姊唐娜帶著水晶返回美國。當所有水晶集齊、地球終於恢復原狀後，天狼將軍（Goldar
