《蓝精灵》的故事发生在一片广阔而宁静的原始森林里。蓝精灵们正兴高采烈地筹备一年一度的蓝月亮节，却没想到宿敌邪恶巫师格格巫（汉克·阿扎瑞亚 Hank Azaria 饰）带着宠物阿兹猫突然闯入了他们的秘密领地。惊慌之中，蓝精灵们四处逃散，笨笨（安东·尤金 Anton Yelchin 配音）更是阴差阳错地冲进了那座传说中曾有99个蓝精灵丧命的瀑布。
为了救出笨笨，蓝爸爸、蓝妹妹、聪聪等蓝精灵也被卷入神秘漩涡，随后意外来到美国纽约的中央花园。面对这个完全陌生的现代世界，他们在化妆品业工作的帕特里克（尼尔·帕特里克·哈里斯 Neil Patrick Harris 配音）帮助下，努力寻找返回大森林的方法。与此同时，格格巫和阿兹猫也追踪来到纽约，一场新的追逐由此展开。
本片改编自比利时漫画家沛优（Peyo）与其夫人共同创作的漫画作品，该系列早年还曾被美国引进并制作成电视动画。
