《候鸟e人》以一群关心候鸟生态的年轻人为主角，从舄湖湿地出发，展开一段浪漫而曲折的爱情故事。剧中人物的情感轨迹，仿佛候鸟随季节迁徙的飞翔路线，从七股、关渡一路延伸到马祖的无人小岛，以及时尚繁华的台北街头。
小青、邵韩与湘子性格相近、彼此陪伴，却在爱情只能有所取舍的现实中，面临得到与失去的抉择。网路世界里的“鸟人”和黑琵，最终也在现实中相遇。邵韩与小青前往七股赏鸟途中因擦撞结识，两人一开始针锋相对，而邵韩的好友小汪也同时爱上了小青。当邵韩和小青终于在现实生活中相识，爱情与友情之间的取舍便成为难题。
另一方面，邵韩一直以为已经离世的初恋女友湘子，其实仍然活着。面对过去的真情、愧疚与责任，以及新欢和旧爱之间的拉扯，重情重义的他陷入了难以抉择的困境。与此同时，暗暗爱着小汪的丁丁，以及痴心守候丁丁的小谢，也将展开属于他们的情感纠葛。
